Comparative molecular analysis of gastrointestinal adenocarcinomas (Cancer Cell 2018)

TCGA, NHGRI, NCI는 그동안 33개 암종의 genomic map을 만들었음.
Pan-Cancer Atlas와 관련된 25개의 TCGA 논문이 이번 주에 5개 저널에 출판될 예정이며, 이 논문이 첫 번째임.

Liu Y, Sethi NS, Hinoue T, Schneider BG et al.
교신저자: Thorsson V (Institute for Systems Biology), Bass AJ (Harvard), Laird PW (Van Andel Research Institute)
http://www.cell.com/cancer-cell/fulltext/S1535-6108(18)30114-4

Methods:
Esophagus, stomach, colon/rectum의 921개 adenoca.를 분석

Results
1) GI adenoca.는 5개의 molecular subtypes으로 구분됨 (EBV, MSI, HM-SNV, CIN, GS)
2) Hypermutated tumors는 암종에 관계없이 distinct (MSI, HM-SNV)
3) CIN은 다양한 형태로 나타나며, upper (esophagus, stomach)이 더 focal한 CNV를 보임
4) Colon/rectum 중 hypermuation이나 aneuplody가 낮은, genome-stable CRC group은 DNA hypermethylation + KRAS/SOX9/PCBNP1 mutation이 enrich됨.

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